Tot voor kort was in Nederland ook voor borstkankerpatiënten bestraling met fotonen de enige bestralingsmogelijkheid. Het nu vastgestelde indicatieprotocol geeft precies aan op basis van welke criteria een patiënt met borstkanker in aanmerking kan komen voor bestraling met protonen. Dit is met name als de stralingsdosis op het hart met fotonen te hoog is. Hierdoor is er een verhoogd risico om gedurende het leven complicaties aan het hart te krijgen. Met protonen is het in die gevallen vrijwel altijd mogelijk om de dosis in het hart aanzienlijk te verminderen, waardoor deze complicaties voorkomen kunnen worden. Overigens is bij de meeste patiënten die met fotonen worden bestraald de dosis in het hart al zeer laag en heeft bestraling met protonen geen meerwaarde.
Radiotherapie met behulp van protonen is een nieuwe techniek van bestraling die ten opzichte van de standaard bestraling met fotonen minder schade aan omringende weefsels tot gevolg heeft. Dergelijke schade doet zich vaak pas op langere termijn voor. De kans op deze schade kan berekend worden met behulp van predictiemodellen.
In juni 2018 is het Protonentherapiecentrum Groningen als eerste protonencentrum van Nederland officieel geopend door minister Bruno Bruins. Sinds de ingebruikname van het centrum zijn iets meer dan 130 patiënten behandeld met protonentherapie. Dat zijn vooral kinderen en patiënten met hoofdhals-kanker; voor deze groep patiënten was al eerder een indicatieprotocol vastgesteld. Er zijn tot nu toe iets meer dan 50 kinderen met kanker behandeld in samenwerking met het Prinses Maxima Centrum.
Ook de protonentherapiecentra in Delft en Maastricht zijn gestart met het behandelen van patiënten. De komende jaren gaat het UMCGroningen Protonentherapiecentrum gefaseerd meer patiënten behandelen door voor steeds meer kankersoorten protonentherapie te bieden. Uiteindelijk kan het centrum jaarlijks maximaal 600 patiënten behandelen. In heel Nederland komt de totale capaciteit op termijn op maximaal 1600 te behandelen patiënten per jaar.