Naar aanleiding van gezondheidsklachten, gemeld door het personeel van het KCT, gelastte de commandant KCT een onderzoek naar de schietbanen van Markiezaat. In juli 2015 rapporteerde het Coördinatiecentrum Expertise Arbeidsomstandigheden en Gezondheid (CEAG) over hun onderzoek. Daarin werd aanbevolen om geen gebruik meer te maken van de 25 en 50 meter indoor-schietbanen vanwege de geconstateerde normoverschrijding van schietgassen. Het CEAG stelde tevens in het rapport dat, indien Defensie gebruik wil blijven maken van de betreffende schietbanen, aanpassingen door de eigenaar aan de mechanische ventilatie noodzakelijk zijn. Tevens werd door het CEAG aanbevolen dat indien er geen alternatieven voor de betreffende schietbanen zijn, de schietinstructeurs te laten rouleren tijdens de schietoefeningen of adembescherming toe te passen.
Als reactie op het rapport heeft het KCT in januari 2016 diverse maatregelen genomen om veilig gebruik van het schietcomplex te kunnen blijven maken. Alle maatregelen waren erop gericht om de blootstelling van het aanwezige personeel aan de schietgassen op de schietbaan te reduceren; de intensiteit van de schietoefeningen is verminderd, instructeurs werden vaker gewisseld, langere pauzes tussen de schietoefeningen, en er werden afspraken gemaakt met de eigenaar van de banen om de luchtafzuiging te verbeteren.
Commandant Landstrijdkrachten, luitenant-generaal Leo Beulen: “Nadat het KCT deze maatregelen heeft genomen zijn er geen gezondheidsklachten meer gemeld door het personeel van het KCT.” Dat deze maatregelen afdoende waren werd nogmaals bevestigd bij de keuring van de schietbaan in maart 2016. De Militaire Commissie Gevaarlijke Stoffen (MCGS) inspecteerde Markiezaat, waarbij tevens een test werd uitgevoerd van de luchtinstallatie, en concludeerde dat de baan veilig gebruikt kon worden, mits er geen zeer intensieve oefeningen werden geschoten. Beulen: “Het niet meer schieten van dergelijke oefeningen is nu precies een van de genomen maatregelen door het KCT. Zij voldeden daarmee aan de eis van de keuringsinstantie. Er werd dus op een veilige manier geschoten op Markiezaat.”
In februari 2018 besluit de Directie Plannen om te stoppen met het gebruik van de betreffende banen van Markiezaat “om geen enkel gezondheidsrisico te lopen”. Beulen: “Bij dit besluit zijn de genomen maatregelen van het KCT niet meegewogen. Zij waren niet op de hoogte van de genomen maatregelen en hebben enkel gekeken naar de uitslag van het CEAG-onderzoek uit 2015, en ze hebben ook niet gekeken naar de conclusie van het MCGS in 2016. Het besluit is ook te verklaren door de oplevering van de nieuwe schietbanen op de kazerne in Roosendaal.” Dat het tot september 2018 heeft geduurd voordat het KCT daadwerkelijk is gestopt met schieten is te wijten aan een interne communicatiefout. Beulen: “Dat is niet goed, maar er was in die periode geen sprake van een onveilige situatie. De genomen maatregelen waren immers nog steeds van kracht.”
Commandant KCT, kolonel Rene van den Berg, weerlegt de bewering dat er binnen zijn eenheid sprake is brede onrust of woede over de gang van zaken rondom Markiezaat. Van den Berg: “Ik herken de geschetste beelden van grote woede of onrust binnen de eenheid totaal niet. We hebben de afgelopen jaren hard gewerkt aan verbetermaatregelen, zoals de aard van de schietoefeningen, de frequentie waarmee deze oefeningen plaatsvinden en de vervanging van de afzuiging van de bewuste schietbanen. Er hebben zich de afgelopen periode bij mij of mijn voorganger geen commando’s gemeld met gezondheidsklachten of commando’s die bezorgdheden hebben geuit op het gebied van de schietbaan Markiezaat. We zijn erg blij met de nieuwe schietbanen op onze kazerne waarvan de afzuiginginstallatie state-of-the-art is en die volledig voldoet aan de moderne maatstaven.”