De Belastingdienst mist nog de informatie om vast te stellen of voldoende en juiste instrumenten en belastingambtenaren gericht en optimaal ingezet worden. Dat is van belang, omdat 12.700 van 16.000 fte van het personeel in dit dienstonderdeel belast is met handhavingstaken. Het is voor de Belastingdienst nog een grote opgave om vast te stellen of het beleid om de belastingregels te handhaven leidt tot een betere naleving van de belastingplicht.
De totale belasting- en premieontvangsten bedragen 230 miljard euro per jaar in Nederland. Het op 30 november 2016 gepubliceerde onderzoek Handhavingsbeleid Belastingdienst, door de Algemene Rekenkamer uitgevoerd op verzoek van de Tweede Kamer, wijst uit dat de Belastingdienst niet kan aantonen in hoeverre met extra investeringen in de handhaving meer geld bij belastingplichtigen geïnd kan worden. Hiervoor is betere managementinformatie nodig en moet de Belastingdienst de effecten van de inzet van handhavingsinstrumenten evalueren. Voor gedragsbeïnvloeding wordt onder meer voorlichting ingezet en gebruik gemaakt van data-analyses en controles.
In 2013 is de Belastingdienst gestart met de vooraf ingevulde aangifte. Analyse door de dienst zelf leert dat hiermee de kwaliteit van aangiften is verbeterd. Er komen 55 % minder fouten voor in de vooraf ingevulde delen en in de aangiften als geheel 29 % minder fouten.
In vergelijking met ongerichte boekenonderzoeken bij bedrijven, leveren risicogerichte controles de fiscus per uur hogere correctieopbrengsten op. Het uitvoeren van (ongerichte) steekproefcontroles levert relatief weinig op. Deze methode is echter onmisbaar om te identificeren welke risicofactoren bestaan. Om vast te stellen waar de risico's zitten speelt de contra-informatie die de Belastingdienst krijgt van bijvoorbeeld werkgevers en banken een essentiële rol. Deze informatie van derden dient dan wel systematisch te worden geanalyseerd. De Algemene Rekenkamer beveelt verder aan de extra inspanningen voor handhaving vooral te richten op bedrijven. Onderzoek wijst uit dat de naleving van belastingwetten door het MKB (1,7 miljoen bedrijven) minder is dan bij de particulieren (8 miljoen). Bij de grote ondernemingen (9.000) kent de Belastingdienst het niveau van de naleving nog niet.